أشرف صاحبه على الديوان في عصر الدولة الأيوبية، والتقى بأعلام الصوفية بمدينة الإسكندرية، خاصة أتباع الطريقتين الشاذلية والرفاعية، وتم تشييد مسجده بالأقصر على نسق المساجد الفاطمية.طرأت على المسجد عمارات وتوسعات على مر العصور والسنوات، وتتكون مئذنته من ثلاث طبقات، وفي أعلاها مجموعة من النوافذ والفتحات .
والمسجد عبارة عن ساحة مربعة الشكل، مغطاة بقبو، ومدخله الرئيسي يقع بالجهة الغربية جرت له عمارات عديدة في العصور الأيوبية، والمملوكية، والعثمانية، والحديثة، وهو مشيد على الجهة الشمالية الشرقية لمعبد الأقصر، ويبلغ ارتفاع مدخله 12 متراً، ويخلو من الزخارف الهندسية والنباتية واللوحات الخطية المعروفة في العمارة الإسلامية، ويعلو المسجد شريط من الشرفات المبنية بالطوب الأحمر . أنشئ مسجد “أبو الحجاج الأقصري” سنة 658ه 1286م في ساحة معبد الأقصر الذي بناه رمسيس الثاني على نسق المساجد الفاطمية القديمة، أي منذ أكثر من 850 عاماً خلال العصر الأيوبي . والمئذنة الأثرية هي أقدم أجزاء المسجد القديم، وتعود إلى عصر أبي الحجاج، وتتكون من ثلاث طبقات، الأولى مربعة الشكل، والثانية والثالثة على شكل أسطواني، وقرب نهايتها مجموعة من النوافذ والفتحات، وهي مبنية بالطوب اللبن، والجزء الأسفل المربع مقوى بأعمدة خشبية، وتشبه مئذنة مسجد أبي الحجاج مآذن الصعيد القديمة ذات الطراز الفاطمي، ومنها مئذنة قوص، ومئذنة إسنا، وأيضا مئذنة مسجد الجيوشي بالقاهرة، وتقع مئذنة أبي الحجاج بالجهة الشمالية الشرقية ويبلغ ارتفاعها 14 مترا و15 سنتيمترا . أجريت للمسجد عدة عمارات وتوسعات، أعيد بناء المسجد في القرن التاسع عشر الميلادي، وتم ترميمه أوائل القرن العشرين، وخلال النصف الأول من القرن نفسه أنشئ مسجد جديد على الطراز ذاته بجوار المسجد القديم . وفي العام 2009 انتهت أعمال ترميم في المسجد استغرقت عامين، وجرت تحت إشراف المجلس الأعلى للآثار، وبلغت تكلفتها سبعة ملايين جنيه، وشملت العمارة الجديدة توسعة ساحة الصلاة وتدعيم القبة، وتغيير الأسقف، بعد أن تعرض المسجد لحريق عام 2007 . ولد أبوالحجاج الأقصري أوائل القرن السادس الهجري بمدينة بغداد، في عهد الخليفة العباسي المقتفي بأمر الله، ينتمي أبوالحجاج إلى أسرة كريمة، ميسورة الحال، عرفت بالتقوى والصلاح، وكان والده صاحب منصب كبير في الدولة العباسية . وينتهي نسبه إلى الحسين بن علي رضي الله عنهما . أشرف أبوالحجاج على الديوان في عهد أبي الفتح عماد الدين عثمان ابن الناصر صلاح الدين الأيوبي . ترك أبوالحجاج العمل الرسمي، وتفرغ للعلم والزهد والعبادة، سافر إلى الإسكندرية والتقى فيها بأعلام الصوفية خاصة الطريقتين الشاذلية والرفاعية، وتتلمذ على يد الشيخ عبدالرازق الجازولي، وأصبح أقرب تلاميذه ومريديه . عاد أبوالحجاج إلى الأقصر، والتقى بالشيخ عبدالرحيم القنائي (صاحب مسجد قنا الشهير)، وأقام واستقر بالأقصر، حتى وفاته في عهد الملك الصالح نجم الدين الأيوبي عن 90 عاما، وكان له مجلس علم يقصده الناس من كل مكان . ترك أبوالحجاج تراثاً علمياً، من أشهره منظومته الشعرية في علم التوحيد، وتقع في 99 بابا، وتشتمل على 1233 بيتا، يقول في مطلعها:
